『トルネコの大冒険 不思議のダンジョン』の続編。トルネコが幸せの箱を手に入れてから約半年後、店のまわりのあらゆる場所が「不思議のダンジョン」に変化してしまう。この謎を解き明かすためにトルネコが再び不思議のダンジョンに足を踏み入れていくというストーリー。
話は前作からの純粋な続編であるが、「お店システム」、「アイテム合成システム」、アイテムを入れることが出来る「壷」が導入されるなど、ゲームシステム的には1995年発売の『風来のシレン』に近くなっている。PS版の難易度は『シレン』を含めたシリーズ中でも低い部類に入るため、初心者向けと言える。
序盤は階層が浅く、戦い方の基本を学ぶスタイルのダンジョンが続く。
洞窟内のダンジョンに加えて、地上のダンジョンも登場。また町にはお金を預けることの出来る「銀行」、様々な効果のあるパンを買える「パン屋」、武器・盾を鍛えてくれる「鍛冶屋」、武器・盾同士を合成できる「合成屋」や、転職などが行える「魔法屋」、ダンジョン内にはガーゴイルの店も登場する。
前作までのターンごとのオートセーブは廃止され、ダンジョン内ではフロア間に時々出現する「中断ポイント」でのみセーブを行うようになった。なお、中断ポイントは新アイテムの「中断の巻物」で必ず出現させることも可能。